Der NLWKN übernimmt Naturschutzaufgaben mit teilweise landesweitem, teilweise regionalem Bezug. Die Koordination der Arbeit erfolgt in der Direktion durch die Geschäftsbereichsleiter "Regionaler Naturschutz" und "Landesweiter Naturschutz" mit Sitz in Hannover.

Der NLWKN ist Fachbehörde für Naturschutz. Im Rahmen des "Landesweiten Naturschutzes", der in der Betriebsstelle Hannover-Hildesheim angesiedelt ist, werden Untersuchungen wie z.B. die Biotopkartierung und die Arten-Erfassungsprogramme durchgeführt. Die Ergebnisse dieser Untersuchungen bilden die Grundlage für Aussagen zur Entwicklung der heimischen Tier- und Pflanzenwelt und ihrer Lebensräume, für Schutz- und Hilfsprogramme, für die Landschaftsplanung, die naturschutzfachliche Beratung und die Erstellung von Arbeitshilfen und Fachbeiträgen. Die Naturschutzinformation informiert die Öffentlichkeit über Naturschutz und Landschaftspflege. In der landesweiten Schutzgebietsdokumentation werden Schutzgebietsinformationen gesammelt und ausgewertet.

Informationen zu den einzelnen Naturschutzgebieten: www.naturschutzgebiete.niedersachsen.de.

Weitere landesweite Aufgaben sind der Internationale Artenschutz (Kontrolle des Handels gefährdeter und besonders geschützter Tier- und Pflanzenarten) sowie der Vogelschutz, für den die Staatliche Vogelschutzwarte des Landes Niedersachsen betrieben wird.

Eine Schwerpunktaufgabe des "Regionalen Naturschutzes" in den vier Betriebsstellen Süd (Braunschweig-Göttingen), Hannover-Hildesheim, Lüneburg und Brake-Oldenburg ist das europäische Schutzgebietsnetz Natura 2000. Zur Sicherung und Entwicklung eines günstigen Erhaltungszustandes der Natura 2000-Gebiete werden u.a. Bestandserfassungen durchgeführt sowie Pflege- und Entwicklungsmaßnahmen koordiniert und abgewickelt.

In ihrer jeweiligen Region führen die Betriebsstellen Naturschutzprogramme durch, wickeln Maßnahmen im Vertragsnaturschutz ab, setzen regionale Artenschutzkonzepte um und beraten mit naturschutzfachlichen Beiträgen u.a. bei Großprojekten.